يمكن تقليل الفعالية عن طريق الاختلاف بين سلالات الفيروس المنتشرة وسلالات اللقاح ، يستمر فيروس الأنفلونزا في التغير ويتم صياغة لقاحات جديدة لكل موسم في نصف الكرة الشمالي والجنوبي ، قد يكون هناك بعض الحماية المتقاطعة ضد نوع فيروسي غير موجود في اللقاح ولكن لا يمكن ضمان مقدار الحماية أو تحديده بسهولة.