كيفية حركة شظايا الحمض النووي عبر الهلام؟
بمجرد وضع الجل في العلبة يتم نقل كل عينة من عينات الحمض النووي التي يراد فحصها على سبيل المثال كل تفاعل (PCR) أو كل بلازميد مقيد الهضم بعناية إلى أحد الآبار، بحيث بئر واحد محجوز لسلم (DNA)، وهو مرجع قياسي يحتوي على أجزاء (DNA) ذات أطوال معروفة، كما تأتي سلالم الحمض النووي التجارية في نطاقات أحجام مختلفة، لذلك يرغب في اختيار واحدة ذات تغطية جيدة لنطاق حجم الأجزاء المتوقعة.
بعد ذلك يتم تشغيل الطاقة إلى صندوق الهلام، ويبدأ التيار في التدفق عبر الهلام جزيئات الحمض النووي لها شحنة سالبة بسبب مجموعات الفوسفات في العمود الفقري للسكر والفوسفات، لذلك تبدأ في التحرك عبر مصفوفة الهلام باتجاه القطب الموجب، وعندما يتم تشغيل الطاقة ويمر التيار عبر الجل يُقال أن الجل يعمل.
أثناء عمل الجل تنتقل القطع الأقصر من الحمض النووي عبر مسام مصفوفة الهلام أسرع من تلك الأطول، وبعد تشغيل الجل لفترة ستكون أقصر قطع من الحمض النووي قريبة من النهاية الإيجابية للجيل بينما ستبقى القطع الأطول من الحمض النووي بالقرب من الآبار، وقد تكون القطع القصيرة جدًا من الحمض النووي قد خرجت من نهاية الجل إذا تركناه لفترة طويلة جدًا.
تصور أجزاء الحمض النووي:
بمجرد فصل الأجزاء يمكن فحص الهلام ومعرفة أحجام العصابات الموجودة عليه، وعندما يتم تلطيخ مادة هلامية بصبغة ربط الحمض النووي وتوضع تحت ضوء الأشعة فوق البنفسجية تتوهج شظايا الحمض النووي، مما يسمح برؤية الحمض النووي الموجود في مواقع مختلفة على طول الجل.
يسمى خط الحمض النووي المحدد جيدًا على مادة هلامية بالفرقة، حيث تحتوي كل فرقة على عدد كبير من أجزاء الحمض النووي من نفس الحجم، والتي انتقلت جميعها كمجموعة إلى نفس الموضع، ولا يمكن رؤية جزء واحد من الحمض النووي أو حتى مجموعة صغيرة من شظايا الحمض النووي بمفرده على مادة هلامية، إذ بمقارنة العصابات الموجودة في عينة بسلم الحمض النووي يمكن تحديد أحجامها التقريبية، على سبيل المثال يبلغ حجم الشريط اللامع الموجود على الجل 700700700700 زوجًا أساسيًا (bp) تقريبًا.